Pedigree Finder: A web-based crop pedigree viewer for graph databases

作物の系譜情報は育種を行う上で必要不可欠であり，特に交配親の選定において極めて重要である．しかし，系譜情報の分析基盤や可視化ツールは少なく，育種家は範囲が限定された系譜図を使用せざるを得ない．本研究では，育種や作物データの解析に系譜情報を広く活用するため，系譜情報グラフデータベース「Pedigree Finder」（https://pedigree.db.naro.go.jp/）を構築した．系譜情報を整備するために語彙やデータフォーマットの統一を行うとともに，品種・系統の標準化されたIDを利用することにより，関連するゲノム情報および形質情報との紐づけを可能にした．系譜情報の整備にはデータモデルとしてリソース・ディスクリプション・フレームワーク（Resource Description Framework, RDF）を採用し，共通性と永続性を高めた上で，グラフデータベースを構築した．グラフデータベースの利用により，系譜情報をわかりやすく可視化し，セマンティック・ウエブ（Semantic Web）技術による外部データベースとの情報統合や高度な検索が可能である．本システムにより系譜情報を収集・可視化することで，系統の育成過程をたどり，遺伝的な近縁性を考慮した交配親の選定や系譜と特性との関係の把握など，品種育成や遺伝研究の意思決定における育種データの統合利用が可能になると期待される．